Le président se plie à la décision et va démissionner une fois que toutes les obligations constitutionnelles auront été remplies", a indiqué le porte-parole de M. Mbeki, Mukoni Ratshitanga, dans un communiqué.
M. Mbeki s'adressera à la nation dimanche à 19h30 (17h30 GMT), après un Conseil des ministres extraordinaire tenu dans l'après-midi, a indiqué un porte-parole gouvernemental.
Le comité directeur du Congrès national africain (ANC), au pouvoir depuis les premières élections multiraciales en 1994, a annoncé samedi qu'il avait décidé de "rappeler le président (...) avant la fin de son mandat", qui expire au 2ème trimestre 2009.
M. Mbeki dirige le pays depuis 1999 lorsqu'il a pris la succession de Nelson Mandela. Son renvoi plonge le pays dans des turbulences sans précédent depuis la chute de l'apartheid.
Son deuxième mandat l'a vu affronter des critiques de plus en plus ouvertes, tandis que montait en puissance le camp du nouveau chef de l'ANC Jacob Zuma, censé représenter les intérêt des plus pauvres. En dépit d'une décennie de croissance, 43% de la population vit toujours avec moins de deux dollars par jour.
En décembre 2007, M. Zuma était élu président de l'ANC lors d'un congrès aux allures de coup d'Etat interne.
Quelques jours plus tard, il était inculpé dans une affaire de pots-de-vin, alors que le dossier d'accusation avait été rejeté par la justice l'année précédente.
Le 12 septembre, le juge de Pietermaritzburg (sud-est) saisi du procès prononçait le non-lieu en faveur de M. Zuma et dénonçait des "interférences" au plus haut niveau auprès du Parquet national.
Aussitôt, l'ANC et les principaux alliés du tribun zoulou, dont la confédération syndicale Cosatu et le parti communiste, demandaient la démission du chef de l'Etat.
M. Zuma a toujours affirmé être victime d'un complot destiné à lui barrer la route de la présidence de la République.
Selon le secrétaire général de l'ANC, Gwede Mantashe, la décision du comité directeur n'a "rien d'une punition mais vise à unir de nouveau le parti", profondément divisé par la lutte entre les deux hommes.
La démission du chef de l'Etat, à quelques mois d'élections générales qui devaient marquer une transition politique cruciale, plonge le pays dans la confusion.
Plusieurs ministres clés du gouvernement Mbeki ont menacé ces derniers jours de démissionner avec lui.
La Ligue de la jeunesse de l'ANC, fervent supporteur de M. Zuma, a estimé que cette "décision ne doit pas créer une crise nationale (...) mais être comprise dans le cadre de notre développement démocratique".
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Pour l'Alliance démocratique (DA, opposition), la décision de l'ANC n'est "certainement pas dans le meilleur intérêt du peuple".
Une démission offre à M. Mbeki "l'issue la plus honorable", estime un chercheur en sciences politiques, Dirk Kotze.
"Les deux autres options (un vote de défiance du Parlement ou son renvoi pur et simple par l'assemblée, avec une majorité des deux-tiers) auraient été une humiliation".
Le Parlement, qui se réunit mardi selon la télévision publique SABC, devra après sa démission nommer un président par interim, impliquant soit la convocation d'élections anticipées, ou bien la désignation d'un nouveau président qui menerait le mandat à terme.
Le parti ne peut pas démettre le président de la République.
Mais le chef de l'Etat "tire sa légitimité du fait qu'il a été choisi par l'ANC et pas d'un scrutin direct", a souligné M. Kotze. Le président est élu par le Parlement issu des élections générales.