Le président stable du Conseil européenest censé prendre le pas sur les présidences semestrielles assurées à tour de rôle par les Etats. Il est élu par les chefs d'Etat et de gouvernement pour une durée de deux ans et demi, renouvelable une fois. Il assure notamment la représentation extérieure de l'Union en matière d'affaires étrangères et de sécurité. Mais la présidence tournante chaque semestre ne disparaît pas pour autant. Elle dirigera les formations spécifiques du conseil, au niveau des ministres.

Les pouvoirs du haut représentant pour les affaires étrangères et la politique de sécurité commune sont renforcés. Désigné pour cinq ans, il préside le conseil des ministres des affaires étrangères. Il est aussi vice-président de la Commission. Il dispose d'un service européen pour l'action extérieure.

Le traité généralise la codécision entre le Parlement européen (PE), seule institution de l'UE élue par les citoyens, et les Etats membres, sur la base de propositions faites par la Commission européenne. L'agriculture, la pêche, les affaires de police et de justice sont, entre autres, concernées. Le PE obtient une égalité de droit avec le Conseil sur les questions budgétaires. Il pourra par ailleurs approuver, ou rejeter en bloc, les accords internationaux, le cadre financier pluriannuel de l'Union, ou toute nouvelle adhésion. Le Parlement élit le président de la Commission sur proposition du Conseil européen.

Le nouveau traité généralise les décisions à la majorité qualifiée en supprimant le recours à l'unanimité - et donc le risque de veto des Etats - dans une cinquantaine de nouveaux domaines. Il s'agit principalement de la coopération en matière migratoire, judiciaire et policière. Britanniques et Irlandais ont obtenu de pouvoir appliquer les décisions dans ces domaines au cas par cas. Le sport, la politique spatiale, l'énergie ou le tourisme sont également concernés par l'essor de la majorité qualifiée. L'unanimité demeure la règle pour la politique étrangère, les questions fiscales et sociales.

Une "double majorité" est prévue pour les décisions prises par le conseil des ministres : une décision à la majorité qualifiée sera prise si elle obtient le soutien de 55 % des Etats (15 sur 27 aujourd'hui) représentant 65 % de la population de l'Union. Une minorité de blocage doit inclure au moins quatre Etats. Le dispositif donnera plus de poids aux pays les plus peuplés, telle l'Allemagne. Pour satisfaire la Pologne, son application a été différée à 2014, voire 2017 en cas de demande.

"Coopération renforcée". Neuf Etats membres, au moins, pourront la mettre en oeuvre dans un domaine où ils voudraient constituer une "avant-garde". Un dispositif similaire est créé dans le domaine de la défense, sous forme de coopération structurée permanente. Une clause de solidarité est introduite, en cas d'attaque terroriste ou de catastrophe naturelle.

La charte des droits fondamentaux devient juridiquement contraignante. Elle pourra être invoquée en justice, et son respect s'impose aux institutions de l'Union ainsi qu'aux Etats membres, lorsqu'ils mettent en oeuvre le droit communautaire. Le Royaume-Uni, la Pologne, puis la République tchèque ont obtenu une dérogation leur évitant d'être liés par la charte.

Le droit de regard des Parlements nationaux dans l'élaboration des textes européens est renforcé. Le texte prévoit enfin un droit d'initiative populaire, afin d'inviter la Commission à soumettre une proposition législative, dans le cadre de ses attributions. L'initiative devra être signée par au moins un million de citoyens.